Btalf znów dla P. jako i dla całej ziemi pruskiej chwile spokoju. Klasztorna księga zmarłych wymienia Kazimierza Jagiellończyka śród dobroczyńców klasztoru, z datkiem tyj siąca grzywien; Aleksander zaś, bawiąc r. 1504 w Gdańsku, potwierdził wszystkie przywileje i prawa klasztoru. Toż samo uczynił Zygmunt I. W czasie pierwszej wojny szwedzkiej znów na P. nowe spadły nieszczęścia. Skoro się r. 1626 Gustaw Adolf zbliżył pod Tczew, opat Leonard Rembowski wyprawił wszystkich zakonników do Wielkopolski. W klasztorze zostało tylko dwóch braci laików. Opat wyjechał do Pogódek. Po zdobyciu Tczewa rozłożył Gustaw obóz pod miastem i w początku sierpnia sam przybył do Peplina. Braciszek z Kaszub oprowadzał króla po całym klasztorze. Musiał on opowiadać jacy w każdym ołtarzu święci wymalowani i komu ołtarze są poświęcone. Gdy przyszli d wielkiego ołtarza, podziwiał król obraz i spytał się, którenby też między królewskiemi tam przedstawionemi osobami był jego stryj. Gdy go braciszek wskazał, począł król podziwiać sztukę malarza w oddaniu twarzy. Nakoniec odwrócił się do orszaku i zabronił szkodzić komukolwiek w klasztorze albo wynieść jaką rzecz. Lecz po odejściu Gustawa zapomniano o tym zakazie. Zabierano co się dało unieść, nie tylko sprzęty kościelne, ale nawet trzy skrzynie ksiąg i naczynia kuchenne ob. Opactwo peplińskie przez ks. Kujota, str. 477. W drugiej wojnie szwedzkiej 1655 1660 P. wiele ucierpiał. Już w r. 1655. przybyli tu Szwedzi, lecz klasztor okupił się wypłaciwszy im 9000 zł. W następnym roku d. 3 stycznia przechodzili znowu i nałożyli na konwent ponownie 9000 zł. Gdy napady nie ustawały, uciekli zakonnicy do Gdańska. Tymczasem rozeszły się wieści o powodzeniach Czarneckiego. W październiku 1656 r. stanął oddział polski pod Jakubem Wejherem i Karolem Grudzieńskim w pobliżu P. Rok 1657 rozpoczął się utarczkami pod P. , co zmusiło konwent do dalszego pozostania w Gdańsku i do zastawienia nieomal wszystkich sprzętów kościelnych za 9000 złp. na pokrycie wydatków. Pod koniec stycznia r. 1659 wręczyli Szwedzi pomimoto opatowi peplińskiemu, w Starogardzie wówczas przebywającemu, pozew, aby zapłacił podatek od plądrowania Brandschoss. Gdy się ociągał dla braku pieniędzy, spalili folwark pepliński. Królewicz Adolf zaś rozłożył się w środku marca pod Rudnem, Lignowami i Garcem i ztąd przybył do P. , gdzie mieszkańcom prawie ostatek mienia wydarł. Tą razą ucierpiał klasztor więcej niż kiedykolwiek, bo drzwi wszystkie powysadzali łupieżcy, piece porozwalali. Dopiero traktat Oliwski powrócił pokój. W marcu r. 1675 bawiła tu królowa wdowa Eleonora; towarzyszyli jej wojewoda lubelski i trzech starostów. Najświetniejszym wypadkiem w dziejach klasztoru były odwiedziny Jana Sobieskiego, który z Gniewu zjechał do P. z królową i królewiczem Jakubem w d. 16 czerwca 1677 r. żeby tu obchodzić uroczyście święto Bożego Ciała. W wigilią święta przed północą dopiero stanęli goście, opóźniwszy się dla trudnej przeprawy na Wierzycy. W samo święto udali się zakonnicy z opatem w procesyi aż do drzwi prowadzących z korytarza wschodniego na dziedziniec, przez który przybyła królewska para z opactwa. Pokropieni święconą wodą udali się wszyscy długą procesyą po korytarzach do kościoła. Dopiero w średniej nawie powitał opat swych gości w imieniu całego konwentu, na co odpowiedział z polecenia królewskiego nominat warmiński Michał Radzie jowski, późniejszy arcybiskup gnieźnieński i kardynał. Następnie była suma pontyfikalna opata i procesya do czterech ołtarzów, po za klasztorem ustawionych. Król szedł ze świecą za baldachimem. Za każdem błogosławieństwem strzelali królewscy hajducy i wygrywali pobudkę. Podczas pochodu zaś grała wojskowa muzyka różne melodye tatarskie, kozackie, tureckie. Tak wszystkich uszy pisze kronikarz podziwieniem się napełniły, bo nigdzie w tych ziemiach podobnych rzeczy uszy nie słyszały, ani oczy nie widziały, od ostatniego ołtarza, który stał przy opactwie, wróciła procesyą przez dziedziniec na korytarze klasztorne i obeszła je wokoło. Przed wielkim ołtarzem udzielił opat ostatniego błogosławieństwa. O godzinie trzeciej skończyło się nabożeństwo i wszyscy udali się do większego refektarza, gdzie jeden z ojców powiedział mowę i poprosił o pozwolenie ucałowania rąk królewskich małżonków. Po tej ceremonii zasiedli wszyscy goście do stołu. Na czele siedział król z królową, królewiczem i posłem francuskim. Zaraz po obiedzie były o siódmej godzinie nieszpory, w obecności wszystkich gości. Następnie królowa udała się do swych komnat, król zaś przechadzał się po klasztorze i ogrodzie, podziwiając dogodne i piękne położenie zabudowań, osobliwie dla bliskości rzeki. Ztąd udali się goście do opata na wieczerzę, która się przeciągnęła aż w późną noc. W piątek była dla rodziny królewskiej msza św. i procesya o jedenastej. Po obiedzie udali się wszyscy do ogrodu, król z królową i synem wsiedli do łodzi i wrócili do Gniewu, reszta zaś gości udała się tam furgonami. W 1772 r. przeszedł cały majątek klasztoru w administracyą rządu. W 1810 r. d. 80 paźdz. wydał król Fryderyk Wilhelm III rozkaz zabrania majątków klasztornych

Peplin