540 sejmie inkwizycyjnym lubo otwartym był przeciwnikiem króla wskutek odkrycia konszachtów jego z domem rakuskim, nie dopuścił do śledztwa naprzeciw niemu w tej sprawie, ażeby ochronić od zupełnej ruiny powagę jego monarszą. Mimo wszystkie ujemne strony z ludzkiej słabości pochodzące w zawodzie senatorskim arcybiskup Karnkowski zasłużył sobie, aby był zaliczony pomiędzy znakomitych mężów stanu w drugiej połowie XVI wieku.